Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 9 | 6 | 1 | 2 | 18:7 | 11 | 19 |
| 2. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 9 | 6 | 1 | 2 | 20:15 | 5 | 19 |
| 3. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 9 | 5 | 3 | 1 | 20:10 | 10 | 18 |
| 4. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 9 | 4 | 3 | 2 | 15:10 | 5 | 15 |
| 5. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 9 | 4 | 2 | 3 | 22:16 | 6 | 14 |
| 6. |  |
Alemannia AachenAachen | 9 | 4 | 2 | 3 | 13:11 | 2 | 14 |
| 7. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 9 | 4 | 2 | 3 | 14:17 | -3 | 14 |
| 8. |  |
Hansa RostockRostock | 9 | 3 | 4 | 2 | 21:11 | 10 | 13 |
| 9. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 9 | 4 | 1 | 4 | 14:9 | 5 | 13 |
| 10. |  |
FC St. PauliPauli | 9 | 4 | 1 | 4 | 17:20 | -3 | 13 |
| 11. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 9 | 3 | 2 | 4 | 15:19 | -4 | 11 |
| 12. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 9 | 2 | 4 | 3 | 11:12 | -1 | 10 |
| 13. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 9 | 3 | 1 | 5 | 14:20 | -6 | 10 |
| 14. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 9 | 3 | 3 | 3 | 14:16 | -2 | 9 |
| 15. |  |
FC AugsburgAugsburg | 9 | 3 | 0 | 6 | 12:16 | -4 | 9 |
| 16. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 9 | 3 | 0 | 6 | 10:22 | -12 | 9 |
| 17. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 9 | 1 | 3 | 5 | 9:15 | -6 | 6 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 9 | 1 | 3 | 5 | 8:21 | -13 | 6 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen