Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 28 | 17 | 4 | 7 | 45:28 | 17 | 55 |
| 2. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 28 | 13 | 10 | 5 | 44:25 | 19 | 49 |
| 3. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 28 | 13 | 9 | 6 | 48:31 | 17 | 48 |
| 4. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 28 | 14 | 6 | 8 | 53:38 | 15 | 48 |
| 5. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 28 | 13 | 7 | 8 | 44:33 | 11 | 46 |
| 6. |  |
Alemannia AachenAachen | 28 | 13 | 6 | 9 | 47:33 | 14 | 45 |
| 7. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 28 | 10 | 11 | 7 | 42:31 | 11 | 41 |
| 8. |  |
FC St. PauliPauli | 28 | 11 | 6 | 11 | 45:54 | -9 | 39 |
| 9. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 28 | 10 | 6 | 12 | 30:45 | -15 | 36 |
| 10. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 28 | 9 | 8 | 11 | 38:36 | 2 | 35 |
| 11. |  |
FC AugsburgAugsburg | 28 | 9 | 8 | 11 | 35:35 | 0 | 35 |
| 12. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 28 | 10 | 7 | 11 | 42:42 | 0 | 34 |
| 13. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 28 | 8 | 9 | 11 | 29:37 | -8 | 33 |
| 14. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 28 | 9 | 6 | 13 | 30:48 | -18 | 33 |
| 15. |  |
Hansa RostockRostock | 28 | 7 | 9 | 12 | 40:45 | -5 | 30 |
| 16. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 28 | 6 | 10 | 12 | 35:51 | -16 | 28 |
| 17. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 28 | 6 | 9 | 13 | 30:45 | -15 | 27 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 28 | 4 | 9 | 15 | 25:45 | -20 | 21 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen