Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 22 | 14 | 3 | 5 | 37:20 | 17 | 45 |
| 2. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 22 | 11 | 7 | 4 | 42:24 | 18 | 40 |
| 3. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 22 | 11 | 6 | 5 | 47:30 | 17 | 39 |
| 4. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 22 | 9 | 8 | 5 | 34:23 | 11 | 35 |
| 5. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 22 | 10 | 5 | 7 | 37:29 | 8 | 35 |
| 6. |  |
Alemannia AachenAachen | 22 | 9 | 6 | 7 | 36:27 | 9 | 33 |
| 7. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 22 | 8 | 9 | 5 | 30:23 | 7 | 33 |
| 8. |  |
FC St. PauliPauli | 22 | 9 | 4 | 9 | 35:43 | -8 | 31 |
| 9. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 22 | 9 | 4 | 9 | 25:34 | -9 | 31 |
| 10. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 22 | 8 | 5 | 9 | 30:27 | 3 | 29 |
| 11. |  |
FC AugsburgAugsburg | 22 | 8 | 5 | 9 | 27:28 | -1 | 29 |
| 12. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 22 | 8 | 4 | 10 | 28:40 | -12 | 28 |
| 13. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 22 | 7 | 6 | 9 | 31:33 | -2 | 24 |
| 14. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 22 | 5 | 8 | 9 | 23:30 | -7 | 23 |
| 15. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 22 | 5 | 8 | 9 | 29:41 | -12 | 23 |
| 16. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 22 | 6 | 5 | 11 | 24:37 | -13 | 23 |
| 17. |  |
Hansa RostockRostock | 22 | 4 | 7 | 11 | 30:39 | -9 | 19 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 22 | 3 | 8 | 11 | 21:38 | -17 | 17 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen