Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 21 | 13 | 3 | 5 | 36:20 | 16 | 42 |
| 2. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 21 | 11 | 6 | 4 | 42:24 | 18 | 39 |
| 3. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 21 | 10 | 6 | 5 | 45:29 | 16 | 36 |
| 4. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 21 | 10 | 5 | 6 | 36:27 | 9 | 35 |
| 5. |  |
Alemannia AachenAachen | 21 | 9 | 6 | 6 | 35:25 | 10 | 33 |
| 6. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 21 | 8 | 8 | 5 | 32:22 | 10 | 32 |
| 7. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 21 | 8 | 8 | 5 | 30:23 | 7 | 32 |
| 8. |  |
FC St. PauliPauli | 21 | 9 | 4 | 8 | 34:38 | -4 | 31 |
| 9. |  |
FC AugsburgAugsburg | 21 | 8 | 5 | 8 | 27:26 | 1 | 29 |
| 10. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 21 | 8 | 4 | 9 | 23:34 | -11 | 28 |
| 11. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 21 | 8 | 3 | 10 | 28:40 | -12 | 27 |
| 12. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 21 | 7 | 5 | 9 | 25:26 | -1 | 26 |
| 13. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 21 | 5 | 8 | 8 | 23:28 | -5 | 23 |
| 14. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 21 | 6 | 5 | 10 | 24:36 | -12 | 23 |
| 15. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 21 | 6 | 6 | 9 | 29:33 | -4 | 21 |
| 16. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 21 | 4 | 8 | 9 | 28:41 | -13 | 20 |
| 17. |  |
Hansa RostockRostock | 21 | 4 | 6 | 11 | 30:39 | -9 | 18 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 21 | 3 | 8 | 10 | 21:37 | -16 | 17 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen