Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 19 | 11 | 3 | 5 | 32:19 | 13 | 36 |
| 2. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 19 | 10 | 5 | 4 | 45:26 | 19 | 35 |
| 3. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 19 | 9 | 6 | 4 | 36:22 | 14 | 33 |
| 4. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 19 | 9 | 5 | 5 | 34:25 | 9 | 32 |
| 5. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 19 | 7 | 8 | 4 | 27:17 | 10 | 29 |
| 6. |  |
Alemannia AachenAachen | 19 | 8 | 5 | 6 | 29:23 | 6 | 29 |
| 7. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 19 | 7 | 7 | 5 | 27:20 | 7 | 28 |
| 8. |  |
FC AugsburgAugsburg | 19 | 8 | 4 | 7 | 26:24 | 2 | 28 |
| 9. |  |
FC St. PauliPauli | 19 | 8 | 4 | 7 | 30:35 | -5 | 28 |
| 10. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 19 | 8 | 3 | 8 | 26:35 | -9 | 27 |
| 11. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 19 | 6 | 5 | 8 | 22:21 | 1 | 23 |
| 12. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 19 | 6 | 4 | 9 | 24:34 | -10 | 22 |
| 13. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 19 | 6 | 4 | 9 | 17:31 | -14 | 22 |
| 14. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 19 | 4 | 8 | 7 | 27:37 | -10 | 20 |
| 15. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 19 | 4 | 7 | 8 | 22:28 | -6 | 19 |
| 16. |  |
Hansa RostockRostock | 19 | 4 | 6 | 9 | 28:33 | -5 | 18 |
| 17. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 19 | 3 | 8 | 8 | 20:33 | -13 | 17 |
| 18. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 19 | 4 | 6 | 9 | 23:32 | -9 | 15 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen