Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 18 | 10 | 3 | 5 | 28:18 | 10 | 33 |
| 2. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 18 | 9 | 5 | 4 | 42:26 | 16 | 32 |
| 3. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 18 | 9 | 5 | 4 | 34:20 | 14 | 32 |
| 4. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 18 | 9 | 5 | 4 | 34:22 | 12 | 32 |
| 5. |  |
Alemannia AachenAachen | 18 | 8 | 4 | 6 | 26:20 | 6 | 28 |
| 6. |  |
FC AugsburgAugsburg | 18 | 8 | 4 | 6 | 25:22 | 3 | 28 |
| 7. |  |
FC St. PauliPauli | 18 | 8 | 4 | 6 | 30:32 | -2 | 28 |
| 8. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 18 | 6 | 8 | 4 | 24:17 | 7 | 26 |
| 9. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 18 | 6 | 7 | 5 | 25:19 | 6 | 25 |
| 10. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 18 | 7 | 3 | 8 | 24:34 | -10 | 24 |
| 11. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 18 | 6 | 4 | 8 | 20:19 | 1 | 22 |
| 12. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 18 | 6 | 3 | 9 | 24:34 | -10 | 21 |
| 13. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 18 | 6 | 3 | 9 | 17:31 | -14 | 21 |
| 14. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 18 | 4 | 8 | 6 | 26:33 | -7 | 20 |
| 15. |  |
Hansa RostockRostock | 18 | 4 | 5 | 9 | 25:30 | -5 | 17 |
| 16. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 18 | 3 | 8 | 7 | 19:31 | -12 | 17 |
| 17. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 18 | 3 | 7 | 8 | 19:27 | -8 | 16 |
| 18. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 18 | 4 | 6 | 8 | 22:29 | -7 | 15 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen