Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 16 | 9 | 4 | 3 | 32:17 | 15 | 31 |
| 2. |  |
SC FreiburgFreiburg | 16 | 9 | 3 | 4 | 26:16 | 10 | 30 |
| 3. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 16 | 8 | 4 | 4 | 31:21 | 10 | 28 |
| 4. |  |
Alemannia AachenAachen | 16 | 8 | 4 | 4 | 25:16 | 9 | 28 |
| 5. |  |
FC St. PauliPauli | 16 | 8 | 3 | 5 | 28:29 | -1 | 27 |
| 6. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 16 | 7 | 5 | 4 | 33:25 | 8 | 26 |
| 7. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 16 | 6 | 6 | 4 | 23:16 | 7 | 24 |
| 8. |  |
FC AugsburgAugsburg | 16 | 7 | 3 | 6 | 22:21 | 1 | 24 |
| 9. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 16 | 7 | 3 | 6 | 24:27 | -3 | 24 |
| 10. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 16 | 5 | 6 | 5 | 23:18 | 5 | 21 |
| 11. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 16 | 6 | 3 | 7 | 19:16 | 3 | 21 |
| 12. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 16 | 5 | 3 | 8 | 22:28 | -6 | 18 |
| 13. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 16 | 4 | 6 | 6 | 23:30 | -7 | 18 |
| 14. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 16 | 5 | 2 | 9 | 15:30 | -15 | 17 |
| 15. |  |
Hansa RostockRostock | 16 | 3 | 5 | 8 | 24:29 | -5 | 14 |
| 16. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 16 | 4 | 5 | 7 | 22:28 | -6 | 14 |
| 17. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 16 | 2 | 8 | 6 | 18:30 | -12 | 14 |
| 18. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 16 | 1 | 7 | 8 | 14:27 | -13 | 10 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen