Seit der Saison 2000/2001 nehmen die Bundesliga-Vereine wieder geschlossen an der ersten Hauptrunde teil. Dies beschloss der Beirat des Deutschen Fußball-Bundes (DFB) auf seiner Sitzung am 23. Oktober 1999.
1. und 2. Hauptrunde
Die Paarungen der ersten Runde werden aus zwei Behältern ausgelost, deren einer die Mannschaften der Bundesliga und 2. Bundesliga und deren anderer die Amateur-Mannschaften enthält. Dabei gilt der Status im Spieljahr des auszulosenden Wettbewerbs. Eine Ausnahme gilt für die vier Aufsteiger zur 2. Bundesliga, die abweichend von ihrem Status dem Amateurbehälter zugeordnet werden. Die Amateur-Mannschaften haben Heimrecht.
Bei der Auslosung zur zweiten Hauptrunde wird wiederum aus zwei Töpfen gelost. Im ersten sind die Vereine des Lizenzfußballs enthalten, im zweiten die Amateur-Vertreter, denen auch das Heimrecht zufällt. Dabei gilt der Status im Spieljahr des auszulosenden Wettbewerbs. Ab dem Achtelfinale wird nur noch aus einem Behälter gelost. Die dann noch im Wettbewerb verbliebenen Amateur-Vertreter behalten bei Spielen gegen Bundesliga-Klubs weiterhin ihr Heimrecht.
Achtel-, Viertel- und Halbfinale
Die Vorschlussrunden werden aus einem Lostopf gezogen. Der zuerst gezogene Verein hat Heimrecht, es sei denn an einer Spielpaarung nimmt ein Amateurligist teil. Sollte dieser in einer Partie gegen eine Lizenzspielermannschaft an zweiter Stelle gezogen werden, wird das Heimrecht getauscht.
Das Endspiel
Die Sieger der beiden Halbfinals treffen im Berliner Olympiastadion im Finale aufeinander.
Siegerermittlung
Ist nach Ablauf der normalen Spielzeit kein Sieger ermittelt, wird die Partie um 2 x 15 Minuten verlängert. Ist nach der Verlängerung noch keine Entscheidung gefallen, wird der Sieger durch Elfmeterschießen ermittelt.
Teilnehmer aus den Amateurligen
Neben den 18 Bundesligisten und den 18 Zweitbundesligisten der abgelaufenen Saison qualifizierten sich für die kommende Saison folgende 28 Amateurmannschaften für den DFB-Pokal: die Verbandspokalsieger der 21 Landesverbände und die jeweils Erst- und Zweitplatzierten der abgelaufenen Spielzeit in den Regionalligen Süd und Nord. Zudem darf jeweils ein weiterer Amateurklub aus den drei DFB-Landesverbänden, welche die meisten Herrenmannschaften im Spielbetrieb haben, am DFB-Pokal teilnehmen. In der Regel sind dies die Verlierer des Verbandspokal-Endspiels.
