Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 7 | 5 | 2 | 0 | 20:8 | 12 | 17 |
| 2. |  |
SC FreiburgFreiburg | 7 | 5 | 1 | 1 | 15:5 | 10 | 16 |
| 3. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 7 | 5 | 1 | 1 | 15:12 | 3 | 16 |
| 4. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 7 | 4 | 2 | 1 | 13:10 | 3 | 14 |
| 5. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 7 | 4 | 1 | 2 | 20:12 | 8 | 13 |
| 6. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 7 | 3 | 2 | 2 | 9:9 | 0 | 11 |
| 7. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 7 | 3 | 1 | 3 | 12:12 | 0 | 10 |
| 8. |  |
Alemannia AachenAachen | 7 | 3 | 1 | 3 | 10:10 | 0 | 10 |
| 9. |  |
FC St. PauliPauli | 7 | 3 | 1 | 3 | 13:17 | -4 | 10 |
| 10. |  |
Hansa RostockRostock | 7 | 2 | 3 | 2 | 12:11 | 1 | 9 |
| 11. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 7 | 3 | 2 | 2 | 13:6 | 7 | 8 |
| 12. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 7 | 2 | 2 | 3 | 13:16 | -3 | 8 |
| 13. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 7 | 2 | 1 | 4 | 9:8 | 1 | 7 |
| 14. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 7 | 1 | 3 | 3 | 8:11 | -3 | 6 |
| 15. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 7 | 2 | 0 | 5 | 7:19 | -12 | 6 |
| 16. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 7 | 1 | 2 | 4 | 8:12 | -4 | 5 |
| 17. |  |
FC AugsburgAugsburg | 7 | 1 | 0 | 6 | 7:13 | -6 | 3 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 7 | 0 | 3 | 4 | 5:18 | -13 | 3 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen