Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 14 | 8 | 4 | 2 | 28:15 | 13 | 28 |
| 2. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 14 | 8 | 2 | 4 | 30:20 | 10 | 26 |
| 3. |  |
SC FreiburgFreiburg | 14 | 8 | 2 | 4 | 23:14 | 9 | 26 |
| 4. |  |
Alemannia AachenAachen | 14 | 7 | 3 | 4 | 22:15 | 7 | 24 |
| 5. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 14 | 7 | 3 | 4 | 22:21 | 1 | 24 |
| 6. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 14 | 6 | 4 | 4 | 31:24 | 7 | 22 |
| 7. |  |
FC St. PauliPauli | 14 | 6 | 3 | 5 | 24:27 | -3 | 21 |
| 8. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 14 | 6 | 2 | 6 | 16:11 | 5 | 20 |
| 9. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 14 | 5 | 5 | 4 | 18:15 | 3 | 20 |
| 10. |  |
FC AugsburgAugsburg | 14 | 5 | 3 | 6 | 18:20 | -2 | 18 |
| 11. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 14 | 4 | 5 | 5 | 20:18 | 2 | 17 |
| 12. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 14 | 5 | 2 | 7 | 21:26 | -5 | 17 |
| 13. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 14 | 5 | 2 | 7 | 14:25 | -11 | 17 |
| 14. |  |
Hansa RostockRostock | 14 | 3 | 5 | 6 | 24:23 | 1 | 14 |
| 15. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 14 | 3 | 5 | 6 | 20:28 | -8 | 14 |
| 16. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 14 | 2 | 7 | 5 | 14:25 | -11 | 13 |
| 17. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 14 | 3 | 5 | 6 | 16:24 | -8 | 11 |
| 18. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 14 | 1 | 6 | 7 | 12:22 | -10 | 9 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen