Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 12 | 7 | 3 | 2 | 23:13 | 10 | 24 |
| 2. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 12 | 7 | 2 | 3 | 24:19 | 5 | 23 |
| 3. |  |
SC FreiburgFreiburg | 12 | 7 | 1 | 4 | 20:12 | 8 | 22 |
| 4. |  |
Alemannia AachenAachen | 12 | 6 | 2 | 4 | 18:13 | 5 | 20 |
| 5. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 12 | 6 | 2 | 4 | 17:19 | -2 | 20 |
| 6. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 12 | 5 | 4 | 3 | 26:19 | 7 | 19 |
| 7. |  |
FC St. PauliPauli | 12 | 6 | 1 | 5 | 20:23 | -3 | 19 |
| 8. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 12 | 5 | 2 | 5 | 15:10 | 5 | 17 |
| 9. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 12 | 5 | 2 | 5 | 21:20 | 1 | 17 |
| 10. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 12 | 4 | 4 | 4 | 17:14 | 3 | 16 |
| 11. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 12 | 5 | 0 | 7 | 13:24 | -11 | 15 |
| 12. |  |
Hansa RostockRostock | 12 | 3 | 5 | 4 | 24:16 | 8 | 14 |
| 13. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 12 | 3 | 5 | 4 | 13:14 | -1 | 14 |
| 14. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 12 | 3 | 4 | 5 | 18:24 | -6 | 13 |
| 15. |  |
FC AugsburgAugsburg | 12 | 3 | 3 | 6 | 16:20 | -4 | 12 |
| 16. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 12 | 2 | 5 | 5 | 13:24 | -11 | 11 |
| 17. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 12 | 3 | 4 | 5 | 15:20 | -5 | 10 |
| 18. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 12 | 1 | 5 | 6 | 11:20 | -9 | 8 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen