Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 31 | 20 | 4 | 7 | 56:32 | 24 | 64 |
| 2. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 31 | 15 | 9 | 7 | 54:36 | 18 | 54 |
| 3. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 31 | 14 | 11 | 6 | 47:28 | 19 | 53 |
| 4. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 31 | 15 | 7 | 9 | 56:42 | 14 | 52 |
| 5. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 31 | 15 | 7 | 9 | 47:38 | 9 | 52 |
| 6. |  |
Alemannia AachenAachen | 31 | 14 | 7 | 10 | 52:37 | 15 | 49 |
| 7. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 31 | 12 | 12 | 7 | 46:31 | 15 | 48 |
| 8. |  |
FC St. PauliPauli | 31 | 12 | 6 | 13 | 48:57 | -9 | 42 |
| 9. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 31 | 11 | 6 | 14 | 33:50 | -17 | 39 |
| 10. |  |
FC AugsburgAugsburg | 31 | 10 | 8 | 13 | 39:38 | 1 | 38 |
| 11. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 31 | 10 | 8 | 13 | 33:49 | -16 | 38 |
| 12. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 31 | 9 | 10 | 12 | 42:43 | -1 | 37 |
| 13. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 31 | 9 | 10 | 12 | 32:42 | -10 | 37 |
| 14. |  |
Hansa RostockRostock | 31 | 8 | 11 | 12 | 48:49 | -1 | 35 |
| 15. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 31 | 8 | 11 | 12 | 38:52 | -14 | 35 |
| 16. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 31 | 10 | 7 | 14 | 44:51 | -7 | 34 |
| 17. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 31 | 6 | 9 | 16 | 33:52 | -19 | 27 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 31 | 5 | 9 | 17 | 26:47 | -21 | 24 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen