Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 30 | 19 | 4 | 7 | 51:30 | 21 | 61 |
| 2. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 30 | 15 | 9 | 6 | 54:34 | 20 | 54 |
| 3. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 30 | 14 | 10 | 6 | 46:27 | 19 | 52 |
| 4. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 30 | 15 | 6 | 9 | 55:41 | 14 | 51 |
| 5. |  |
Alemannia AachenAachen | 30 | 14 | 7 | 9 | 51:35 | 16 | 49 |
| 6. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 30 | 14 | 7 | 9 | 46:38 | 8 | 49 |
| 7. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 30 | 12 | 11 | 7 | 46:31 | 15 | 47 |
| 8. |  |
FC St. PauliPauli | 30 | 11 | 6 | 13 | 46:57 | -11 | 39 |
| 9. |  |
FC AugsburgAugsburg | 30 | 10 | 8 | 12 | 39:37 | 2 | 38 |
| 10. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 30 | 10 | 8 | 12 | 33:48 | -15 | 38 |
| 11. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 30 | 9 | 9 | 12 | 39:40 | -1 | 36 |
| 12. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 30 | 9 | 9 | 12 | 32:42 | -10 | 36 |
| 13. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 30 | 10 | 6 | 14 | 31:50 | -19 | 36 |
| 14. |  |
Hansa RostockRostock | 30 | 8 | 10 | 12 | 45:46 | -1 | 34 |
| 15. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 30 | 10 | 7 | 13 | 42:46 | -4 | 34 |
| 16. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 30 | 7 | 11 | 12 | 36:51 | -15 | 32 |
| 17. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 30 | 6 | 9 | 15 | 33:50 | -17 | 27 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 30 | 4 | 9 | 17 | 25:47 | -22 | 21 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen