| Pl. | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC Freiburg | 26 | 15 | 4 | 7 | 40:25 | 15 | 49 |
| 2. |  |
1. FSV Mainz 05 | 26 | 13 | 8 | 5 | 47:29 | 18 | 47 |
| 3. |  |
SpVgg Greuther Fürth | 26 | 13 | 6 | 7 | 52:37 | 15 | 45 |
| 4. |  |
1. FC Nürnberg | 26 | 11 | 10 | 5 | 39:25 | 14 | 43 |
| 5. |  |
1. FC Kaiserslautern | 26 | 12 | 6 | 8 | 41:32 | 9 | 42 |
| 6. |  |
MSV Duisburg | 26 | 10 | 10 | 6 | 38:26 | 12 | 40 |
| 7. |  |
Alemannia Aachen | 26 | 11 | 6 | 9 | 43:33 | 10 | 39 |
| 8. |  |
FC St. Pauli | 26 | 11 | 5 | 10 | 43:50 | -7 | 38 |
| 9. |  |
Rot-Weiß Oberhausen | 26 | 10 | 6 | 10 | 29:39 | -10 | 36 |
| 10. |  |
TSV 1860 München | 26 | 9 | 7 | 10 | 35:32 | 3 | 34 |
| 11. |  |
FC Augsburg | 26 | 8 | 8 | 10 | 31:33 | -2 | 32 |
| 12. |  |
Rot Weiss Ahlen | 26 | 9 | 5 | 12 | 30:46 | -16 | 32 |
| 13. |  |
FSV Frankfurt | 26 | 7 | 9 | 10 | 27:34 | -7 | 30 |
| 14. |  |
TuS Koblenz * | 26 | 8 | 7 | 11 | 36:38 | -2 | 28 |
| 15. |  |
VfL Osnabrück | 26 | 6 | 10 | 10 | 35:46 | -11 | 28 |
| 16. |  |
FC Ingolstadt 04 | 26 | 6 | 8 | 12 | 28:42 | -14 | 26 |
| 17. |  |
Hansa Rostock | 26 | 5 | 9 | 12 | 36:44 | -8 | 24 |
| 18. |  |
SV Wehen Wiesbaden | 26 | 4 | 8 | 14 | 25:44 | -19 | 20 |
www.fcn.de/saison/2008-2009/tabelle/gesamttabelle/spieltag/26/
Hinweise
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen