| Pl. | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC Freiburg | 25 | 15 | 3 | 7 | 39:24 | 15 | 48 |
| 2. |  |
SpVgg Greuther Fürth | 25 | 13 | 6 | 6 | 52:36 | 16 | 45 |
| 3. |  |
1. FSV Mainz 05 | 25 | 12 | 8 | 5 | 46:29 | 17 | 44 |
| 4. |  |
1. FC Kaiserslautern | 25 | 12 | 5 | 8 | 40:31 | 9 | 41 |
| 5. |  |
MSV Duisburg | 25 | 10 | 10 | 5 | 38:25 | 13 | 40 |
| 6. |  |
1. FC Nürnberg | 25 | 10 | 10 | 5 | 37:25 | 12 | 40 |
| 7. |  |
FC St. Pauli | 25 | 11 | 5 | 9 | 42:47 | -5 | 38 |
| 8. |  |
Alemannia Aachen | 25 | 10 | 6 | 9 | 42:33 | 9 | 36 |
| 9. |  |
Rot-Weiß Oberhausen | 25 | 10 | 5 | 10 | 28:38 | -10 | 35 |
| 10. |  |
TSV 1860 München | 25 | 9 | 6 | 10 | 34:31 | 3 | 33 |
| 11. |  |
FC Augsburg | 25 | 8 | 7 | 10 | 30:32 | -2 | 31 |
| 12. |  |
Rot Weiss Ahlen | 25 | 9 | 4 | 12 | 29:45 | -16 | 31 |
| 13. |  |
FSV Frankfurt | 25 | 7 | 9 | 9 | 27:32 | -5 | 30 |
| 14. |  |
TuS Koblenz * | 25 | 8 | 7 | 10 | 36:36 | 0 | 28 |
| 15. |  |
VfL Osnabrück | 25 | 6 | 9 | 10 | 34:45 | -11 | 27 |
| 16. |  |
FC Ingolstadt 04 | 25 | 6 | 7 | 12 | 27:41 | -14 | 25 |
| 17. |  |
Hansa Rostock | 25 | 4 | 9 | 12 | 34:44 | -10 | 21 |
| 18. |  |
SV Wehen Wiesbaden | 25 | 3 | 8 | 14 | 22:43 | -21 | 17 |
www.fcn.de/saison/2008-2009/tabelle/gesamttabelle/spieltag/25/
Hinweise
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen