Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
SC FreiburgFreiburg | 20 | 12 | 3 | 5 | 35:20 | 15 | 39 |
| 2. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 20 | 10 | 6 | 4 | 45:26 | 19 | 36 |
| 3. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 20 | 10 | 6 | 4 | 39:23 | 16 | 36 |
| 4. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 20 | 10 | 5 | 5 | 36:25 | 11 | 35 |
| 5. |  |
Alemannia AachenAachen | 20 | 9 | 5 | 6 | 35:25 | 10 | 32 |
| 6. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 20 | 7 | 8 | 5 | 28:21 | 7 | 29 |
| 7. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 20 | 7 | 8 | 5 | 29:23 | 6 | 29 |
| 8. |  |
FC AugsburgAugsburg | 20 | 8 | 5 | 7 | 27:25 | 2 | 29 |
| 9. |  |
FC St. PauliPauli | 20 | 8 | 4 | 8 | 32:38 | -6 | 28 |
| 10. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 20 | 8 | 3 | 9 | 27:37 | -10 | 27 |
| 11. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 20 | 7 | 5 | 8 | 24:22 | 2 | 26 |
| 12. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 20 | 7 | 4 | 9 | 20:33 | -13 | 25 |
| 13. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 20 | 6 | 4 | 10 | 24:36 | -12 | 22 |
| 14. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 20 | 4 | 8 | 8 | 22:28 | -6 | 20 |
| 15. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 20 | 4 | 8 | 8 | 28:40 | -12 | 20 |
| 16. |  |
Hansa RostockRostock | 20 | 4 | 6 | 10 | 29:36 | -7 | 18 |
| 17. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 20 | 5 | 6 | 9 | 26:33 | -7 | 18 |
| 18. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 20 | 3 | 8 | 9 | 21:36 | -15 | 17 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen