Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 17 | 9 | 4 | 4 | 33:19 | 14 | 31 |
| 2. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 17 | 9 | 4 | 4 | 33:21 | 12 | 31 |
| 3. |  |
SC FreiburgFreiburg | 17 | 9 | 3 | 5 | 26:18 | 8 | 30 |
| 4. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 17 | 8 | 5 | 4 | 36:25 | 11 | 29 |
| 5. |  |
Alemannia AachenAachen | 17 | 8 | 4 | 5 | 26:19 | 7 | 28 |
| 6. |  |
FC AugsburgAugsburg | 17 | 8 | 3 | 6 | 25:22 | 3 | 27 |
| 7. |  |
FC St. PauliPauli | 17 | 8 | 3 | 6 | 28:30 | -2 | 27 |
| 8. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 17 | 6 | 7 | 4 | 24:17 | 7 | 25 |
| 9. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 17 | 7 | 3 | 7 | 24:30 | -6 | 24 |
| 10. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 17 | 5 | 7 | 5 | 24:19 | 5 | 22 |
| 11. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 17 | 6 | 4 | 7 | 20:17 | 3 | 22 |
| 12. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 17 | 6 | 3 | 8 | 23:28 | -5 | 21 |
| 13. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 17 | 6 | 2 | 9 | 17:31 | -14 | 20 |
| 14. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 17 | 4 | 7 | 6 | 24:31 | -7 | 19 |
| 15. |  |
Hansa RostockRostock | 17 | 4 | 5 | 8 | 25:29 | -4 | 17 |
| 16. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 17 | 4 | 5 | 8 | 22:29 | -7 | 14 |
| 17. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 17 | 2 | 8 | 7 | 18:31 | -13 | 14 |
| 18. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 17 | 2 | 7 | 8 | 15:27 | -12 | 13 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen