Gesamttabelle
| Platz | Verein | Spiele | S | U | N | Tore | Diff | Punkte | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |
1. FSV Mainz 05Mainz | 13 | 8 | 3 | 2 | 26:13 | 13 | 27 |
| 2. |  |
1. FC KaiserslauternKaiserslautern | 13 | 8 | 2 | 3 | 30:19 | 11 | 26 |
| 3. |  |
SC FreiburgFreiburg | 13 | 8 | 1 | 4 | 22:13 | 9 | 25 |
| 4. |  |
SpVgg Greuther FürthFürth | 13 | 6 | 4 | 3 | 30:22 | 8 | 22 |
| 5. |  |
Alemannia AachenAachen | 13 | 6 | 3 | 4 | 19:14 | 5 | 21 |
| 6. |  |
Rot Weiss AhlenAhlen | 13 | 6 | 3 | 4 | 19:21 | -2 | 21 |
| 7. |  |
FC St. PauliPauli | 13 | 6 | 2 | 5 | 22:25 | -3 | 20 |
| 8. |  |
TSV 1860 MünchenMünchen | 13 | 5 | 2 | 6 | 15:11 | 4 | 17 |
| 9. |  |
1. FC NürnbergNürnberg | 13 | 4 | 5 | 4 | 16:14 | 2 | 17 |
| 10. |  |
FC Ingolstadt 04Ingolstadt | 13 | 5 | 2 | 6 | 21:23 | -2 | 17 |
| 11. |  |
MSV DuisburgDuisburg | 13 | 4 | 4 | 5 | 20:18 | 2 | 16 |
| 12. |  |
Rot-Weiß OberhausenOberhausen | 13 | 5 | 1 | 7 | 14:25 | -11 | 16 |
| 13. |  |
FC AugsburgAugsburg | 13 | 4 | 3 | 6 | 17:20 | -3 | 15 |
| 14. |  |
Hansa RostockRostock | 13 | 3 | 5 | 5 | 24:22 | 2 | 14 |
| 15. |  |
VfL OsnabrückOsnabrück | 13 | 3 | 5 | 5 | 19:25 | -6 | 14 |
| 16. |  |
SV Wehen WiesbadenWiesbaden | 13 | 2 | 6 | 5 | 14:25 | -11 | 12 |
| 17. |  |
TuS KoblenzKoblenz * | 13 | 3 | 4 | 6 | 15:23 | -8 | 10 |
| 18. |  |
FSV FrankfurtFrankfurt | 13 | 1 | 5 | 7 | 12:22 | -10 | 8 |
Liga-Tabelle 2008/09
* -3 Punkte; Verstöße gegen Lizenzierungsauflagen